Visions of Mana se déroule dans un monde fantastique où les joueurs prennent le contrôle de Val, un jeune homme de Tianeea. Lorsque son amie d'enfance est choisie pour partir en pèlerinage à l'arbre sacré de Mana, qui contrôle le flux de mana à travers le monde, Val est chargé de l'accompagner en tant que protecteur ou garde d'âme.
