Entouré de ses robots, le Dr Wily a construit une plate-forme pétrolière au milieu de l'océan. Dans ce jeu d'action plate-forme, Mega Man doit se rendre lâ-bas pour arrêter ses agissements. Malheureusement, le chemin jusqu'â son ennemi n'est pas sans danger et il faudra au préalable battre les 8 nouvelles créations de Wily. Mega Man III introduit également un nouveau chasseur de Mega Man du nom de Punk.