Après la défaite des Mavericks dans les épisodes précédents, les robots vivent en paix avec les humains. Mais les Mavericks d'origine reviennent à la charge et menacent l'équilibre. Mega Man et Zero sont rappelés sur le devant de la scène pour contrer la nouvelle attaque. Mega Man X3 sur Super Nes propose 8 niveaux d'action plates-formes qui conduisent tous vers un boss différent à affronter.